El hisopo nasofaríngeo  tiene algunas ventajas sobre el hisopo orofaríngeo:

1. El hisopo nasofaríngeo puede permanecer en la faringe durante mucho tiempo para poder obtener más muestras, razón por la cual la tasa positiva del hisopo nasofaríngeo es mayor que la del hisopo orofaríngeo.
2. el riesgo de exposición del muestreador de hisopo nasofaríngeo es menor que el del hisopo orofaríngeo, porque podemos pararnos detrás del paciente al tomar muestras y pedirle que se baje la máscara para exponer solo las fosas nasales y cubrir la boca, y no hay necesidad de mirar directamente a la cavidad oral del paciente. Y casi no hay reflejo faríngeo con el hisopo nasofaríngeo, algunos pacientes pueden tener reflejo de estornudo después del muestreo, y el paciente puede cubrirse con los codos o toallas de papel, y porque la muestra no está directamente frente al paciente. El riesgo de exposición del hisopo nasofaríngeo es relativamente menor, lo que reduce la presión psicológica de los muestreadores.

La desventaja del hisopado nasofaríngeo es que los pacientes con hisopados orales y faríngeos tienen mayor miedo psicológico, y los muestreadores tienen más formación profesional.

Ya sea para recolectar un hisopo nasofaríngeo o un hisopo orofaríngeo, la profundidad de recolección y la duración del contacto con la mucosa son los puntos clave.. Si el hisopo nasofaríngeo no se recolecta en las profundidades de la cavidad nasofaríngea, el paciente tiene una fuerte reacción de vómito al recolectar el hisopo orofaríngeo, lo que conduce a un tiempo de muestreo insuficiente. En este momento, la mayoría de las células que se pueden recolectar son células libres de virus, lo que puede causar "falsos negativos". Esta también puede ser una de las razones por las que los pacientes con una prueba de ácido nucleico negativa aparecen de nuevo con ácido nucleico positivo durante el reexamen. En un estudio chino, se compararon los métodos NPA y OPS, se revisaron las publicaciones sobre muestras respiratorias de SARS, MERS y H1N1, y se concluyó que, entre todos los métodos de muestreo de las vías respiratorias superiores, el hisopo nasofaríngeo y el hisopo orofaríngeo (NS+OPS) fueron los menos dañinos al personal médico.